明王朝灭亡，左懋第拥戴弘光帝，自请赴京商议议和之事

清兵入关，其家母绝食自尽，堂弟降清，左懋第拥戴弘光皇帝

崇桢十七年（1644年），农民起义领袖李自成率军攻进北京，推翻了明王朝的统治。不久，清兵入关，迅即攻占北京。福王朱由崧在南京建立了南明政权，是为弘光皇帝。左懋第到南京进谒弘光帝，升为兵科都给事中，后被任命为太常卿，不久又右佥都御吏，巡抚江南诸府。左懋第的母亲陈氏身陷北京，绝食而死，其堂兄弟左懋泰投降了清朝。

弘光帝欲割地议和，左懋第请缨持节北行，舍身成仁
清兵击败李自成后，饮马黄河，意图南下。弘光帝梦想偏安江南，准备向入关的清廷割地求和，朝议遣使与清通好。南明满朝文武谁也不敢前往，面对国难家仇，左懋第悲愤填胸，他上书弘光帝，要求持节北行，阻止清兵南下。于是，弘光帝升左懋第为兵部右侍郎兼右佥都御史，与左都督陈弘范、太仆寺卿马绍愉出使北京。