孙元良在驻守南京时私自逃离，后重整旗鼓解陪都之危，并因此获得青天白日勋章

孙元良参加南京保卫战，欲弃城后被逼返回战场
抗日战争全面爆发后，1937年8月，率八十八师死守闸北阵地七十六日，以四行仓库为据点驻守抗战。此战后获云麾勋章，升任第七十二军军长；1937年12月，参加南京保卫战，驻守城南雨花台一带，因军饷与上海工事款项等问题，被蒋中正要求至军法处辩明，于4月3日自行进入武昌银元局街军法执行总监部，孙元良提出辩白书后，蒋中正将此案交由康泽与戴笠调查后无罪获释，投监拘押42天。1937年12月，参加南京保卫战，驻守城南雨花台一带，曾经私自下令撤出南京城，被其后队宋希濂举机枪督战逼迫下才不得不重回战场。此战后廖耀湘等上呈报告要求追查责任，因此被撤职查办，投监拘押四十二天。1939年1月，以民生航运公司职员身份，取道香港游历考察英、法、德、意等欧洲诸国。回国后重返军界，任第二十八集团军副总司令兼二十九军军长。
 

孙元良曾收复独山等地，于1985年驳斥日本的谎言
南京大屠杀期间，他成为屠杀目击者，1985年曾发表抗议书，驳斥日本军国主义者谎言。
1939年1月，以民生航运公司职员身份，取道香港游历考察英、法、德、意等欧洲诸国，回国后重返军界，任第二十八集团军副总司令兼二十九军军长；1944年，率部将日军赶出距重庆七百余公里的贵州独山县，收复南丹等地，使日军退出贵州；解陪都之危，获青天白日勋章。