孙元良晚年定居台湾，曾出面指证日本的谎言，终在台北逝世，享年一百零三

孙元良在蒋介石被迫下野后也回到台湾，终选择退役从商
1949年底，孙元良来到台湾。背着战败丧师之责，加上国民党高级将领间的内斗，他精神郁闷，最后选择了退役从商。
上世纪70年代初，孙元良一度旅居日本，开了一家名为“天福园”的面馆。
1975年，他重返台湾定居高雄，在当地一家针织品公司当董事长，退休后，孙元良到台北定居，闲来无事时著书立传，写了回忆录《亿万光年中的一瞬》等。
 

孙元良晚年生活平淡，在日本否认南京大屠杀时出面指证

晚年的孙元良很少提及当年的风风雨雨，心境平和地专注养生；孙元良的第5个儿子孙祥钟，即是影视双栖的台湾资深艺人、偶像演员秦汉，他曾回忆说：“即便是对自己的儿女，他也很少说起过去参与的战事。”
1985年，孙元良最后一次高调亮相。由于日本军国主义否认1931年后日军在华大屠杀的事实；当年大屠杀发生的时候孙将军正好偷偷离开部队，躲在妓院里避难；作为历史的见证人，81岁高龄的孙元良在台湾高雄市发表了一份抗议书，义正词严地驳斥了日本军国主义的谎言。
2007年5月25日，孙元良在台湾逝世，享年103岁；在他过世前，是硕果仅存仍然在世的黄埔军校一期校友， 生前行事低调的他，身后事家属也将力求精简；他的后事家属会依照其遗嘱指示不发讣文，只在报纸登半版广告告知亲友，至于骨灰则暂厝林口，等待适当时机再迁葬回大陆南京。