很多学者都认为方伯谦是被冤死的，写文章为他鸣不平。

关于对方伯谦打抱不平的最早是在《冤海述闻》上记载，是当时在寒战的舰上人员编写的。

1.最早为方鸣不平的《冤海述闻》在方被杀第二年（1895年）出版，记载详实，是亲自参加寒战的舰上人员所撰写第一手资料，局外人无法杜撰，当时统治者亦未见批驳。
2.处斩电文下达次日，据《卢氏甲午前后杂记》记录，“济远”士卒闻之‘均奔麓伏尸而哭，声闻数里，见着无不泪下。’“卢当时是”广甲“舰管轮，可以说是目击者第一手资料。（现存福建师大图书馆）
3.1896年出版的《东方兵事纪略》作者姚锡光，系李鸿章幕僚，立场多有问题，其影响迄今尚未澄清。

民国时期的《海军大事记》这本书中，也肯定了方伯谦是被冤死的。
4.上文所述洋员戴乐，系《甲午中日海战见闻记》作者。时任”定远“舰副帮带兼汉纳根顾问。因其愿望要购置新巡洋舰由其指挥未能实现，常感职不符名，把林泰曾、刘步蟾、方伯谦说成三巨奸，诬”济远“舰各炮”为巨锤所坏，以作临阵先逃之借口“，流毒很广，是个”劣洋员“，人称其”谰言不可信“。
5.民国初期海军部编史处池仲祐编纂出版《海军大事记》，由总纂严复作序，提出了”方伯谦被谗以逃军军前正法，军中冤之“，肯定了方伯谦是被冤杀。《海军大事记》代表了清末民初广大海军的意见，他们中许多人参加了甲午海战。
6.当时很多诗人、士大夫都作文为其蒙冤哀叹。如杜德舆”哀辽东赋“，认为”指三字而成冤，坏长城而失傍“，同事歌颂方伯谦”雄略豪宕，战具整齐，舟师勇壮，挽承矩之刀鱼，乘风稷之海浪，神勇奋于澹台，老谋深于陆抗“，当时脍炙人口，为人们所传诵。