黄巢部队接连受挫，遂乞讨投降，后又觉得朝廷力量不足以镇住自己所以降而复叛
黄巢在江西的兵马，被镇海军节度使高骈剿灭；进攻新郑、郏城、襄城、阳翟的兵马，被崔安潜打退；在浙西的，被浙西节度使裴璩攻击，死者甚众。黄巢十分沮丧，乃拜见天平军乞降，诏命黄巢为右卫将军。
黄巢估量藩镇不一，不足制己，又反叛。八月，黄巢军进攻宣州，高骈派遣大将张潾、梁缵在南陵攻打草贼，打败了他们，草军秦彦、毕师铎等纷纷投降。于是草军又进入浙东，抓获越州观察使崔璆。黄巢带兵越过江西，与旧部王重隐相呼应，攻破虔、吉、饶、信等州。
黄巢带领的农民军进入福建杀人如麻却唯独不杀儒者，隐士周朴不从黄巢被怒斩
乾符五年（878年）十二月，农民军经婺州至衢州，又劈山开路，打通了到建州（今福建建瓯）的七百里山路。进入福州（今属福建）。观察使韦岫战不胜，弃城逃跑，农民军进入了福建。农民军进入福建后烧官府、杀官吏。焚烧室庐，杀人如麻。时六年三月也。
当初，军中盛传：“遇到儒者就杀，军队必定覆灭。”黄巢进入福建后，但凡俘虏自称为儒者的皆释而不问。当草军经过崇文馆校书郎黄璞门前时即下令说：“这是读书人家，灭掉火把，不要焚烧”寻找隐士周朴，找到后，问他：“能从我乎？”周朴回答道：“我尚不仕天子，安能从贼？”黄巢一怒之下斩杀了周朴。当时福建诸州都失陷可，朝廷下诏高骈为诸道行营都统来抵御草贼。
