王占元荣任师长，强行解散学潮，率军镇压二次革命、打击白朗起义军

民国成立，王占元荣任师长，斥责军校学生学潮，强行解散
1912年1月1日民国成立，2月5日段祺瑞、王占元、何丰林、李纯、鲍贵卿等九将领自信阳电奏，斥责王公，阻挠共和，败坏大局，即率全军将士入京，与之“剖陈利害”。2月12日清帝退位，3月15日袁世凯继任临时大总统，8月北洋第二镇改为中央陆军第二师，王占元任师长，驻保定，兼保定留守军司令。9月19日被北京政府授为陆军中将。
11月间，保定陆军军官学校的学生闹学潮，反对校长赵理泰，陆军部调集驻扎保定的北洋军第二师王占元部鲍贵卿混成旅包围了军校，强行解散学生，王占元以保定警备司令官名义指责军校学生闹风潮，扰乱地方，进行了弹压，后来由于国会议员的质问和各省军事代表的调停干预，陆军部才宣布再行开学。

王占元镇压革命率兵参与镇压二次革命，围歼白朗起义军失败
1913年2月12日特授以勋三位。4月宋教仁案发，5月第二师移驻河南信阳，准备镇压国民党。7月16日王占元被任命为第一军（军长段芝贵）右司令。7月20日，北洋政府令王占元加陆军上将衔，带兵参与镇压“二次革命”，8月1日给予二等嘉禾章，25日攻占湖口，革命军败退，二次革命在北洋军队的镇压下失败。
1914年1月8日，白朗起义军在新安店与北洋军队激战，陆军总长兼湖北都督段祺瑞令王占元向固始进军，兼任“豫南剿匪总司令”，2月23日在信阳以东地区围歼白朗起义军，结果被围困于商城，幸驻麻城的第六旅张敬尧部援救才突围。4月24日北洋政府令王占元帮办湖北军务，7月18日加将军衔。12月1日袁世凯令王占元代理湖北军务。