孔尚任以“疑案”罢官，可能与所作《桃花扇》有关
《桃花扇》脱稿后 9个月，即康熙三十九年（1700）三月，孔尚任以“疑案”罢官。确切原因不详。今人从作者《放歌赠刘雨峰》“命薄忽遭文字憎，缄口金人受谤诽”等诗句及友人赠诗推测，罢官可能与《桃花扇》的内容有关。这一推论得到较广泛的承认。但是，因为《桃花扇》历演不衰，也没有禁止刊行，因此也有人怀疑此说，认为疑案与《桃花扇》无关。真实的原因，有待于确凿证据的发现。
康熙四十一年（1702）末，孔尚任带着悲愤的心情回到家乡，过着清苦寂寞的生活。其中，他曾往山西平阳、河南大梁、湖北武昌等地作过短期的漫游，做过幕僚，终在抑郁之中逝于曲阜。
