邓子龙戴罪立功在吴定的统领下大败普应春、霸生叛军，后又击退缅甸军队
万历十八年（1590年），邓子龙被审讯时，孟养贼思箇叛乱，巡抚吴定让邓子龙戴罪立功受到万历皇帝的允许。随后邓子龙在吴定的统领下大败普应春、霸生叛军，以此为战功官复原职。然而不久之后邓子龙又被弹劾罢官回家。
万历二十年（1591年），思仁领导缅甸军队进攻孟养、蛮莫，邓子龙亲自率军击退了军队。
万历二十二年（1593年），邓子龙建元戎第，日以诗书自娱。
邓子龙抗倭殉国，露梁海战跟随朝鲜名将李舜臣率水军千余人在釜山海面上迎击日军
万历二十六年（1598年）四月丙辰，兵部上书让邓子龙任副总兵、统帅水军出征朝鲜，经明神宗同意后，邓子龙跟随陈璘东征。时李舜臣、李如松等人已将日军击溃，日军准备渡海逃回日本，邓子龙跟随朝鲜名将李舜臣率水军千余人在釜山海面上迎击日军，这就是著名的露梁海战。战斗中，邓子龙精忠耿耿，虽已年过七十，扔领二百人向日军冲锋，想夺得首功，杀敌无数。然而别的船将火器误投到了邓子龙的船中，因船起火，日军趁机反扑，邓子龙力战而亡，前来救援的李舜臣也共同殉难。
万历二十七年（1599年）九月，明神宗对东征朝鲜的将士论功行赏，赠邓子龙都督佥事，有一子因此为官，朝鲜还修建庙宇纪念他。朝鲜正祖后来发现《明史》之中的庙祀朝鲜朝鲜并没有执行，于是下令将邓子龙的牌位立于康津诞报庙中，与陈璘等将一体祭祀。
