邓子龙率领军队于攀枝花抗击缅甸,使得边境蛮人归附明朝
万历十一年(1585年)二月,缅甸木邦部落侵犯云南,万历皇帝派邓子龙驻兵永昌。时缅甸首领莽应里勾结湾甸土知州景宗真兄弟四处劫掠,攻打姚关。邓子龙率领军队于攀枝花和缅甸军队激烈战斗,成功击退缅甸军队,此后趁胜追击,直捣敌巢,活捉缅甸军一众首脑,因此升任副总兵。随后邓子龙又协助高国春击败进犯猛密的缅甸人,使得边境蛮人归附明朝。
邓子龙因偏心引发手下兵变,虽最后被镇压但邓子龙受牵连剥职入狱
在缅甸入侵后,永昌、腾冲二地开始招兵,但新兵多是流氓地痞,以这些新兵组成腾冲营和姚安营,由同样抗缅有功的刘綎统领腾冲营,邓子龙则管辖姚安营。结果邓子龙、刘綎互相不服,两营发生暴力冲突,万历皇帝因二将皆有功而视之不见。后来刘綎被罢免,腾冲营新首领刘天俸又被抓捕,于是邓子龙兼管两营。但邓子龙偏袒自己老部下姚安营,苦的累的腾冲营做,吃饭时姚安营是腾冲营的两倍,结果姚安营养成骄奢的习惯,因索要军饷不成而造反,叛军毕竟是职业军人,一路直打省城,一路烧杀抢掠,最后由巡抚萧彦调土汉兵夹击之方才平定。不过邓子龙却因此被剥职入狱。邓子龙入狱期间,猛广土官思仁跟他的嫂子甘线姑通奸,想娶她做妻子,没有成功,后来思仁跟他的同伙丙测一起叛逃缅甸,多次引导缅甸进犯内地。