王慎中勤于职守，整饬吏治，致力端正学风，革除陋习，制定新的规章条例。

王慎中他仍然勤于职守，整饬吏治，慎中又先后迁升南京户部主事和礼部员外郎。这些都是冷清闲散的衙门，使他更有充裕的时间钻研学问。

在常州通判任上，他仍然勤于职守，整饬吏治。江苏巡抚郭宗臬，对慎中的才学非常赏识，刚好江阴县出缺，就委派他去署理江阴。江阴任满，慎中又先后迁升南京户部主事和礼部员外郎。这些都是冷清闲散的衙门，使他更有充裕的时间钻研学问。在南京，他与王龙溪等文人学士研究著名理学家王阳明的学说。并从原来“文必秦汉”的尚古观念中解脱出来，趋向于唐宋文风，推崇北宋文学家曾巩、欧阳修等诸家学说。
嘉靖十五年（1536），慎中出任山东提学佥事。任内致力端正学风，革除陋习，制定新的规章条例。如原来规定，读书人谒见教官、学政要按等级行屈膝拜参的大礼。慎中对这种卑躬奉迎的风气很是反感，便另行规定，生员进谒只行常礼，免去一切繁文缛节。同时，重视人才的发掘、培养与提拔，如驰名文坛的“后七子”李攀龙、解元殷士詹，都是由他一手提拔出来的。

王慎中不久，升江西参政，与聂双江等学士交游讲学，阐发经学新义。
不久，升江西参政。江西是著名学者王阳明讲学的地方。地方父老还能记述王阳明讲学活动的旧事。慎中追寻王氏的旧迹，经常往来于白鹿洞、鹅湖之间，与欧阳南野、邹守益、罗念庵、聂双江等学士交游讲学，阐发经学新义。
不久，迁河南参政。当时河南正闹饥荒，饿殍遍野。慎中协同放赈大臣户部侍郎王杲开仓发粟，赈救饥民。王杲见慎中办事干练，深得民心，上疏朝廷建议起擢重用。想不到题奏拔升的表章未见批复，却突然传来慎中被撤职罢官的通知，消息一传开，朝野哗然，都认为这是不可思议的怪事。原来慎中一向清心鲠直，不屑于奉迎上司，阿附权贵，早年在礼部供职时，得罪上司夏言。此时夏言为首辅阁臣，执掌朝纲，一发现奏请拔升慎中的表章，更加嫉恨，于是不仅压下表章不报，反寻借口参了一本，硬是罢了慎中的官。