康熙接受了纳兰明珠的意见，成功收复台湾，后与俄国谈判使其撤军

康熙和纳兰明珠商议决定解决台湾问题，并听取纳兰明珠意见，成功收复台湾
康熙二十年（1681年）郑经病死，后嗣发生纠纷，郑经长子被杀，12岁的次子郑克塽袭延平王，部将刘国轩、冯锡范主事。福建总督姚启圣请求朝廷出兵进剿，纳兰明珠也认为应该利用这一机会彻底解决台湾问题。康熙和明珠商议后，命福建总督、巡抚等人同心合力平定海疆。纳兰明珠指出总督和巡抚共同指挥会相互牵制，应由一人来统一指挥。康熙接受了明珠的建议，让福建提督施琅独自统兵进剿。康熙二十二年（1683年），郑克塽遣使求降，清朝顺利收复台湾。
清军占据台湾后，对于郑氏集团人物的安排，康熙最终接受了明珠的建议，任用一些台湾投诚的人，结果从中涌现不少有作为的人。而关于是否弃守台湾，明珠态度十分明确。当时内阁学士李光地等人主张弃守台湾，认为驻守台湾会加重朝廷财政负担，无利可图。施琅等人则坚决固守，明珠也赞同施琅建议，并最终得到康熙的支持。清政府此后设立台湾府，隶属福建省，从此将台湾纳入中央政府的直辖范围。
 

纳兰明珠迫使俄方同意和平谈判，作为中方代表于其谈判后使其撤军
康熙二十一年（1682年），纳兰明珠陪同康熙到东北考察，最远抵达乌喇地区。经过精心准备，纳兰明珠协助康熙调派黑龙江将军萨布素两次围攻雅克萨，迫使俄方同意和平谈判。康熙二十五年（1686年），俄国谈判使团抵达北京，与以纳兰明珠为首的中方代表会谈。纳兰明珠遵照康熙指示，义正严词地驳斥了俄方的无理取闹，指出：“我国向无侵犯尔国之处，尔国人却无故施放枪炮，杀我居雅克萨等地徒手虞人（即猎人），并屡次纳我逃人。”俄方最终同意撤出雅克萨的俄军。纳兰明珠与俄国使团的谈判为日后《尼布楚条约》签订创造了重要条件。