国共内战爆发后，刘峙任郑州绥靖公署主任，后被解放军全线击败

刘峙任郑州绥靖公署主任，后于定陶战役中全军覆没，被蒋介石剥夺军职
1946年元旦，刘峙就任郑州绥靖公署主任，统率河南、陕西两省第一、五战区部队。
1946年6月18日，蒋介石电令刘峙“统一指挥五、六两绥署之部队围歼李先念部”。6月20日共军分两路突围出去。刘峙迅速判明了突围主力方向，进行穷追猛打，最终王震纵队只剩4000人返回延安，王树声纵队在伏牛山也站不住脚，化妆离队。刘峙总计调动10个整编师和近10万人的地方部队，以30余万大军，呈一个半圆形阵势把中原解放区包围起来，欲置6万中原解放军于死地。
1946年9 月6日，赵锡田的第三师战线突前，被渡过黄河的刘邓大军包围，全军覆没（定陶战役）。败讯传至庐山，蒋介石勃然大怒，剥夺了刘峙的军职，调回南京，委任为战略顾问委员会上将委员。
 

淮海战役中，刘峙重任徐州剿共总司令，后被解放军全线击败，杜聿明被活捉
1948年11月6日—1949年1月10日的徐蚌会战（徐蚌会战是国民党对这场战役的命名，淮海战役是共产党对这场战役的命名）中蒋介石重新起用刘峙为徐州剿共总司令。刘峙当即表示：“要我做官，不能奉命；要我拼命，义不容辞！”在他就职的第九天，河南开封被解放军陈毅、粟裕部攻克。
1949年1月6日，解放军发起总攻，全歼杜聿明兵团，活捉杜聿明，历时55天的淮海战役歼敌55万余人。
1949年9月17日，刘峙应老友顾祝同之约，重游了黄埔军校旧地，但见“一片荒凉，令人有荆棘铜驼之感”。看到这破败的景色，联想到个人的穷途末路，刘峙禁不住悲从心来，潸然泪下。