薛应旂处事不圆滑，故仕途失落，但其扶持大批后起之秀，年七十蒙恩昭恤改为“致仕”后，邹应龙请旨敕建牌楼，以旌表恩师功绩

薛应旂遇事不冷静、处事不圆滑，故仕途失落，但其爱才，提拔、扶持大批后起之秀，桃李芬芳
薛方山从政二十一年，虽然学识和能力俱佳，但终未能在仕途上有所彰显。用现代话说，官阶不过“司局级”。其原因是多方面的，得罪严嵩，是一方面；另一方面也有其为人处事的原因。正如当年吏部尚书唐龙的对薛方山评价，十分确切：方山“性过自执，学不徇人，疾恶如仇，去奸如脱，诚所谓任事任怨之臣也”。他遇事不冷静、处事不圆滑，得罪人多。其“疾恶如仇”的典型例子是他见到褚杰来信时，“臣时裂其书而叱其使”。当时的上司、本部尚书张谕就劝导他：“当居贞，莅事惩忿，俟时不必与校”。
但薛方山爱才，提拔、扶持大批后起之秀。受到广大儒学生员和正直官员的好评和爱戴。他慧眼提拔的人才中，最出名的是邹应龙。他教出的学生中，著名的有顾宪成、允成俩兄弟和方山自己的两个孙子敷成、敷教。他们四人同时就学于方山先生，后来均中进士。同为东林学派的领头人。
 

薛应旂老骥伏枥，蒙恩昭恤，改为“致仕”，邹应龙请旨敕建牌楼，以旌表恩师功绩

嘉靖己巳（1569年）方山年七十，严嵩父子已倒台多年，于是就疏奏陈情乞恩俯赐昭恤，以明出处。后蒙恩诏改为“致仕”。时年，身为两江督抚的门生邹应龙过江南，特上府拜谒。后又为薛方山请旨敕建牌楼，以旌表恩师功绩。建牌楼时，薛方山正受邀赴白鹿书院讲课，得悉后即“贻书却之”，但已经开工。但该牌楼终“未告竣”。雍正三年时，飓风雷电将东西两侧石柱刮倒，只剩中央两石柱。此牌楼一直矗立在余巷村薛家前，牌楼上额为“清廉峻节”。因用紫石建造，当地人俗称“紫石大牌楼”。直至1956年，因修水利需用石料，才被拆除。
七十五岁卒，赐子爵衔。有万历三十四年五月初三日的诰命一道（见《五牧薛氏宗谱》卷一22页），因儿子中宪大夫近兖贵，赠薛方山为中宪大夫、夫人冯氏为恭人。