司马元显因不敌桓玄而兵败被杀，以及其受到历史名人的高度评价

司马元显因不敌桓玄，又无救兵来援，兵败被杀
时桓玄逼近建康，司马元显才打算出发，但听到桓玄已到新亭后弃船，退屯于国子学堂。在宣阳门外列阵，但军中有言桓玄已到，司马元显于是打算领兵回宫城，但桓玄军队中有人拔刀从后大叫：“放仗！”司马元显军队自溃，司马元显僚属皆已散走，唯张法顺伴随。司马元显入相府向司马道子问计，但司马道子只能对其哭泣。桓玄随后派毛泰收捕司马元显，并缚他于舫前数落他，司马元显只得说：“是被王诞、张法顺误了。”

桓玄入京执掌朝政，将司马元显交付廷尉，于是杀害了司马元显及其六个儿子，司马尚之、庾楷、张法顺、毛泰等皆被处死。紧接着桓玄又指使御史杜竹林以毒酒害死其父司马道子。
元兴三年（404年），刘裕举义兵击败桓玄，大将军、武陵王司马遵承制追赠太尉，赐谥为忠。
司马元显受历史名人的高度评价
晋孝武帝：元显夙令光懋，乃心所寄，诚孝性蒸蒸，至痛难夺。
司马道子幕僚：有明帝神武之风。
《晋书》叙述：1、聪明多涉，志气果锐。2、元显性苛刻，生杀自己。
《晋书》史臣曰：元显以童丱之年，受栋梁之寄，专制朝廷，陵蔑君亲，奋庸琐之常材，抗奸凶之臣寇，丧师殄国。不亦宜乎！斯则元显为安帝之孙强，道子实晋朝之宰嚭者也。列代之崇建维城，用籓王室；有晋之分封子弟，实树乱阶。