杨深秀修纂的《山西通志》将山西的古迹名区全部收入此文章之中，更是对“甲午之耻”深感愤恨而发出深思

杨深秀修纂《山西通志》，山西的古迹名区在文章 中一览无余
在光绪《山西通志》的修纂中，杨深秀也付出了辛劳，有重大贡献。
修志的整个工作是在山西通志局的具体领导下进行的。总纂为王轩，分纂为杨笃、杨深秀、张铁生等。王轩日与杨笃、杨深秀诸人讨论通志之体例，定为六门。即：图、谱、考略、记、录等。6门又各详分为36类。此次修志在山西历史上是空前的。杨深秀担任《星度谱》2卷与《古迹考》8卷之分纂任务。

杨深秀所分纂的《星度谱》利用了当时天文、历法和地理方面的最新科学成就，他本人也有一定的创见。这既反映了他具有的较高科学水平，也体现了他的求实精神。
《古迹考》载于《通志》卷之五十。其主要内容是从上古之唐虞夏商周秦，以迄两汉魏晋宋元明清，在山西所建国都及城邑之考证。旁及宫室、祠字，陵墓及寺观等。《古迹考》又为《沿革谱》之姊妹篇。读过王轩所纂之《沿革谱》，山西之古今沿革，了然成竹在胸，深服其简明扼要。再读过杨深秀《古迹考》，山西各处古迹名区，更加粲然入目，有如更上一层楼而览无数之胜景。
杨深秀返京参加会试，为“甲午之耻”而愤恨而深思
1886年（光绪十二年）冬，杨深秀离并返京，到刑部销假。1889年春，参加了会试，被取中贡士。接着参加殿试，被置于三甲。1895年中日甲午战争中国战败，杨深秀深为“甲午之耻”而愤恨而深思，“无由申”之。
1897年山东发生了德国强占胶东半岛的严重事件，杨深秀被实授为山东道监察御史。他第一疏就极言改革。疏云：
时势危迫不革旧无以图新，不变法无以图强。