杨深秀在“令德堂书院”任协讲，主讲《尚书》，以春秋公羊学启迪学生，传播新思维

杨深秀担任“令德堂书院”协讲，主讲《尚书》
此外，杨深秀还担任过省城令德堂书院的协讲。
令德堂书院创建于1883年（光绪九年）。于通省择诸生之高才者人内深造。令德堂与晋阳书院同为全省士子之最高学府，其原址为太原府署后之宝贤堂（今山西省实验中学），经张之洞奏准筹建，正式开办于1884年5月（光绪十年四月）。晋阳书院山长王轩，被特聘为令德堂书院之总校主讲（山长），杨深秀、杨笃、张铁生等均被聘为分校兼协讲。杨深秀于两书院中“讲《尚书》，主今文家言，极高谈雄辩之概，诸生课余请业，竟委穷源循循无倦”。

杨深秀传播新思维，以春秋公羊学启迪学生，提倡走出八股文，学习改制立法
19世纪80年代的山西已开始改变闭塞的风气。张之洞于创立令德堂书院的同时，还下令购入南省出版的各种书籍。英人李提摩太以传教、赈灾为名，进入山西，张之洞聘他为顾问，设洋务局，展开建设。虽由于各种原因收效甚微，但总算开了风气，所有这些都为书院教学联系实际创造了一定条件。杨深秀于讲经中，以春秋公羊学启迪学生，“勿迷溺于时文”。时文即八股文。勿迷溺于此者，即要从八股文中走出来，学习改制立法。有这些都使学生受到一定影响。太原之刘友风，榆次之刘奋熙皆其高材生。刘奋熙以进士人仕后，两袖清风，常以圣贤自学自励，且引天下事为己任。刘友风“虽习举子业，而究非专以举子业为心”，后编纂成《晋祠志》。二人皆有其师之遗风。