阎锡山不遗余力的拥护袁世凯，后来竟说是孙中山的指示，在抗击护法军战争中全军覆没

阎锡山在护国军发布讨袁檄文时，仍站在袁世凯一边，后来竟说拥护袁是孙中山的指示
袁世凯倒行逆施，遭到中国人民的反对。蔡锷、唐继尧等在云南成立护国军，发布讨袁檄文，向北京进军之时，阎锡山仍站在袁世凯一边，致电北京国务院，声称“滇黔等省竟以少数地方二三首领擅立政府，私举总统，实属破坏大局，不顾国家”。当袁就护国军反对帝制征询各地大员意见时，阎指斥唐继尧等为“不忠不义不仁不智”之徒，恳请皇帝“褫革唐继尧、任可澄、蔡锷等官职荣典，宣示罪状”。1916年（民国五年）3月，当袁被迫撤销帝制后，阎犹通电要求滇黔诸君“痛加悛悔”，否则阎锡山将把护国军将领“视为公敌，与众共弃，愿效前驱，以伸挞伐”。
阎锡山拥戴袁世凯称帝，可谓不遗余力。后来阎锡山竟然说，这乃是根据孙中山的指示，为了保存北方革命力量而采取的措施。

阎锡山在袁世凯死后投靠段祺瑞，在抗击护法军战争中全军覆没
袁世凯死后，北洋军阀的统治局面并未改变，段祺瑞出任国务总理。阎又依附于段，在重大问题上惟段之马首是瞻。
1916年（民国5年）7月，阎改任山西督军，一面排挤打击异己，使省长孙发绪和沈铭昌难以处事，相继离职；一面贿请内务总长汤化龙为其说项，又称段为师，遂得于1917年（民国六年）9月兼任省长。从此，山西的军政大权集于阎锡山之一身。阎锡山响应段祺瑞马厂誓师，曾出兵反对张勋复辟。段重新执政后，拒绝恢复被袁废弃的《中华民国临时约法》。孙中山在广州成立护法军政府，就任陆海军大元帅，下令讨伐段祺瑞。阎却站在段的一边，电促冯国璋等抗击护法军，并派晋军第一混成旅长商震率部赴湘参战，结果全军覆没。