随着和县猿人遗址、银山智人遗址和凌家滩遗址相继发现，巢湖流域被公认为是古人类最早的发源地之一
著名史学家郑樵（1104—1162年，今福建莆田人），学术思想主张“仲尼、
司马迁会通之法” ，在《通志·三皇纪》云：“厥初，先民穴居野处，圣人教之结巢，以避虫豸之害，而食草木之实，故号有巢氏， 亦曰大巢氏。” 郑樵注重实地考察，在《通志·氏族略》中从姓名学定义得出新的见解：“巢氏，有巢氏之后，尧时有巢父，夏商有巢国，其地在庐江，子孙以国为氏。”康熙《巢县志》沿革志进而确载：“罗泌《路史》称有巢氏。”罗泌（1131—1189年，今江西吉安人），其《路史》记述上古迄两汉事，考证精赅，保存大量的古代史料和佚闻，堪可采信。
20世纪80年代以来，随着和县猿人遗址、银山智人遗址和凌家滩遗址相继发现，巢湖流域被公认为是古人类最早的发源地之一，打破了长期以来长江和巢湖流域被认为不可能是人类发源地的历史论断。距今约30万年的和县猿人、 约20万年的银山智人和5500年前凌家滩遗址，印记了人类祖先从猿人到智人，再到现代人的进化历史，展示了从旧石器到新石器时期人类创造的古代文明，包括有巢氏所开拓的原始时代由穴居进入巢居的文明时代。
安徽科技出版社出版方克逸主编《巢湖》人物篇明确记载，有巢氏“因居巢得名与有巢氏发明巢居有关，而被视为巢湖人。”
凌家滩遗址自1985年被发现，经过文物考古部门的五次大规模发掘，认定遗址其年代距今5500—5300年之间，是长江下游巢湖流域迄今发现面积最大、保存最完整的新石器时代人类聚落遗址。经遥感测定，凌家滩遗址的总面积达160万平方米，发现了大型祭祀，红陶块砌成水井和建筑遗迹，以及墓葬和大量的玉器、石器和陶器，足以佐证，凌家滩遗址是已存在政、军、神三权的有巢氏聚落中心。
20世纪90年代，安徽科技出版社出版方克逸主编《巢湖》人物篇明确记载：有巢氏“因居巢得名与有巢氏发明巢居有关，而被视为巢湖人。”2006年，巢湖籍学者宁业高研究员、钱玉春副研究员，合著的《中华始祖有巢氏论纲》，通过当代考古文物考证古今文献,论证巢湖流域是有巢氏生籍地望。2007年，凌家滩遗址第五次考古发掘，发掘领队张敬国研究员从M23墓葬所出土的300余件丰富文物分析，墓主人当是聚落中心的神权领袖。在远古时代，血缘氏族是人类从原始人群转变到氏族部落的重要标志之一，其基本特征是族民对先祖充满缅怀心理和崇拜意识。据此足以佐证：凌家滩的先民就是史料所记载的有巢氏，凌家滩遗址就是有巢氏时代的聚落中心，有巢氏的生籍地望就在巢湖流域。
