抗日战争爆发陈璧君力主对日本和平
抗日战争爆发后，1938年（民国27年）国民政府迁往重庆。
汪精卫及其支持者协商善后对策。此时，陈璧君力主对日本和平。同年12月起，汪精卫夫妇等人经河内逃往上海。1939年（民国28年）8月，汪精卫召开了中国国民党第六次全国代表大会，陈璧君当选中央监察委员会常务委员。1940年（民国29年）3月，南京国民政府（汪精卫政权）成立。
在南京国民政府中，陈璧君等人形成了“公馆派”，重用褚民谊（陈璧君的义妹的丈夫）控制政局。由此形成了与陈公博的对立。1944年（民国33年）11月，陈璧君将在日本名古屋死去的汪精卫的遗体迁回南京。
日本投降后的1945年陈璧君被重庆国民政府逮捕，被江苏高等法院判处无期徒刑
日本投降后的1945年（民国34年）8月25日，陈璧君被重庆国民政府逮捕。1946年（民国35年）4月，被江苏高等法院判处无期徒刑。陈璧君在宣判之际对法官表示，自己不服判决，但上诉没有意义，故不再上诉。1949年中华人民共和国成立后，陈璧君继续被收监，因健康状况不佳，故以治疗为主。
1959年6月17日，陈璧君在上海提篮桥监狱逝世，终年67岁。
