王琼一生勤于职守，严于律已，任人而唯贤，临危而不惧，受诬陷而不消极自弃，为安边而不顾古稀高龄

王琼被评价为“公名利之情最淡，事业之着无穷。何以逢迎于上，谋陷于下者乎？”
李贽：夫满朝皆受宸濠贿赂，独晋溪与梁储亡有也。杨廷和为首相，受宸濠贿，擅与护卫……呜呼！不贪宸濠之贿，而交于王守仁，使居上流擒濠。明知守仁不以一钱与人，不与一面相识，而故委心用之，何也？少具眼力者，自当了了。
李中馥：伎俩精于逢迎者，名利所由迫；心术工于阱陷者，事业何由隆？公名利之情最淡，事业之着无穷。何以逢迎于上，谋陷于下者乎？

黄道周：王琼大才，高坐堂上。盗贼纷攻，汹汹荡荡。调将遣兵，无一不当。敌寇山西，骄矜无状。奏集镇兵，伏击败丧。报反宁王．中外惊怅。琼曰无伤，久已有将。上游下攻，此时已创。亡何捷闻，方知非妄。但惜正人，往往遣谤。削职复官，有如风浪。
张延玉：当正、嘉间，泽、琼并有才略，相中伤不已，亦迭为进退。而琼险忮，公论尤不予。然在本兵时功多。而其督三边也，人以比杨一清云。

王琼的个人作品
《西番事迹》、《北边事迹》、《晋溪奏议》、《漕河图志》、《掾曹名臣录》。