萧昭文早年担任中军将军，萧鸾政变后将他立为新皇

萧昭文被封为临汝公，兄长即位后任命他为中军将军
萧昭文出生于南朝齐建元二年（480年）。永明四年（486年）闰正月初一日，萧昭文受封爵位为临汝公 ，食邑一千五百户。萧昭文最初担任辅国将军、济阳太守。 
永明十年（492年）正月，萧昭文转任为持节、督南豫州诸军事、南豫州刺史 ，仍任辅国将军。 
永明十一年（493年），进号为冠军将军。同年正月二十五日，萧昭文的父亲文惠太子萧长懋去世 ，萧昭文回到都城建康（今江苏南京）。七月三十日，萧昭文的祖父齐武帝萧赜去世，萧昭文的哥哥皇太孙萧昭业即位。十一月初四日，萧昭业任命萧昭文为中军将军，享受领兵以及设置佐史的特权。并进封爵位为新安王 ，食邑两千户。
隆昌元年（494年）闰四月二十四日，萧昭业任命萧昭文为使持节、都督扬南徐二州诸军事、扬州刺史，仍任辅国将军。 

萧鸾政变，弑杀萧昭业，将萧昭文立为皇帝，自己担任骠骑大将军
隆昌元年（494年）七月二十日，辅政大臣尚书令、镇军大将军、西昌侯萧鸾（齐武帝堂弟，萧昭文堂叔祖）发动政变，弑杀萧昭业。七月二十一日，萧鸾以皇太后王宝明名义下诏，追贬萧昭业为郁陵王，并提议立新安王萧昭文为皇帝。 七月二十五日，萧昭文即皇帝位，大赦天下，改元延兴。任命萧鸾为骠骑大将军、录尚书事、扬州刺史、宣城郡公，文武官员赏赐官位二等。