司马绍病逝，司马衍即位，司马绍对国家影响深远，力图打破宗教界限

司马绍病逝，司马衍即位，司马绍安葬于武平陵。
太宁三年（325年）三月初二日，司马绍立长子司马衍为皇太子。 闰八月十九日（10月12日），司马绍健康状况不佳，召太宰、西阳王司马羕，司徒王导，尚书令卞壶，车骑将军郗鉴，护军将军庾亮，领军将军陆晔，丹杨尹温峤，一起接受遗诏，辅助皇太子司马衍。闰八月二十五日（10月18日），司马绍病逝于东堂，享年二十七岁。闰八月二十六日（10月19日），皇太子司马衍即皇帝位 ，是为晋成帝，为父亲司马绍上谥号为明皇帝，庙号肃祖（《资治通鉴》作肃宗）。九月十一日，司马衍将司马绍按葬于武平陵。

司马绍当机立断，对国家影响深远，力图打破宗教界限。
司马绍聪明敏捷能随机断事，尤其明白事理。在位期间兵乱连年，饥荒不断，死于饥荒战乱瘟疫者过人口之半，国家空虚社会凋敝十分严重，国事极端艰难。又值王敦挟兵威而震慑人主，将欲窃夺神器。司马绍虚与周旋，养成其恶，以弱制强，潜心谋划，当机独断，肃清大凶。又调整荆、湘等四州将领，以分散长江上游地方势力，拨乱反正，加强根本而削弱枝叶，虽在位时间短暂，但对安定国家大局的影响很是深远。
东晋自，北方侨姓士族与南方吴姓士族之间的矛盾一直很尖锐，吴姓士族往往受到排挤与压制。明帝为了稳定东晋政权，临终前一个月，还下诏说：“吴时将相名贤之胄，有能纂修家训，又忠孝仁义，静己守真，不闻于时者，州郡中正亟以名闻，勿有所遗。”力图调解这个矛盾，以期打破宗族界限，为国家选拔人才。在临终遗言中，他要诸臣为自己治丧时“务从简约”，不得奢侈。