司马聃为晋康帝司马岳的长子，为晋康帝立为太子，后晋康帝去世，年仅两岁的司马聃即位

司马聃被晋康帝司马岳立为太子，其母为皇后褚蒜子
晋穆帝司马聃，字彭子，生于建元元年（343年），是晋康帝司马岳的长子，母亲为皇后褚蒜子。
建元二年（344年）九月二十四日，晋康帝将儿子司马聃立为皇太子。
 

司马聃登基为帝，年仅两岁，令部下北伐扩大疆土
建元二年（344年）九月二十六日，晋康帝去世。九月二十七日，年仅两岁的太子司马聃即位，尊母亲皇后褚蒜子为皇太后，并由褚太后临朝摄政。第二年改元为永和。同年十月二十三日，将晋康帝安葬于崇平陵，十一月初九日，车骑将军庾冰去世。
由于司马聃年幼，所以由褚太后掌政，并由何充辅政。永和二年（346年）正月己卯日，何充去世。二月癸丑日，由司徒蔡谟与会稽王司马昱辅政。此后赵石虎病死，中原大乱。晋穆帝在位期间东晋朝廷先后令褚裒 、殷浩北伐，均未成功。永和十年（354年），太尉、征西将军桓温北伐关中，大败前秦。桓温还消灭了在四川立国的成汉，并且于356年夺回洛阳，虽然不久就因为粮运不继而撤退，东晋的版图仍然有所扩大。