吕公著一生作品颇多，最具代表性的有《五州录》、《吕申公掌记》等

治平四年，宋神宗即位，召吕公著为翰林学士、知通进银台司
治平四年（1067年），宋神宗赵顼即位，召吕公著为翰林学士、知通进银台司。当时司马光因论事被解除御史中丞之职，回到经幄。吕公著封还诏命说：“司马光因举职赐罢，这是为有言事职责的人不能尽其言。”诏令以告示形式直接交付阁门。吕公著又说：“制命不由门下省，那么封驳的职责，因臣而废弃。希望陛下治臣的罪，来端正纪纲。”神宗示谕他说：“之所以流放司马光的原因，是依赖他劝学而已，不是因为言事的缘故。”吕公著一直请求，最后被神宗解除了知通进银台司之职。

熙宁（1068年—1077年）初年，吕公著任开封知府。当时夏秋久雨，开封发生地震。吕公著上疏说：“过去人君遇灾，有的恐惧以致福，有的简诬以致祸。陛下以至诚待臣下，那么臣下思虑尽诚以回报，上下至诚而变异不消失的，从来没有。做人君主的只有除去偏听独任的弊端，而不被先入之语所蒙蔽，那么就不会被邪说所乱。颜渊问为邦国之道，孔子答以疏远奸佞之人为戒。大概奸佞之人惟恐不顺合君意，那么其势必容易亲近，正直的人惟恐不符合大义，那么其势必容易疏远。只有首先格王端正此事，没有事正而世不治理的。”礼官遵用唐代旧例，请求神宗五月临御大庆殿接受朝拜，因而上尊号。吕公著说：“陛下正超越汉、唐，追复三代，何必在阴盛的日子，为不符合礼义的朝会，接受无益的虚名？”神宗采纳了他的意见。

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吕公著一生著述颇丰，著有：
《五州录》
《吕申公掌记》1卷
《吕正献集》20卷
《吕氏孝经要语》1卷
《葵亭集》
并曾参与编修《仁宗御集》100卷、《英宗实录》30卷、《神宗实录》（神宗朱墨史）200卷、《太常因革礼》100卷、《编订六家谥法》20卷。《全宋诗》卷452录其诗18首，《全宋文》卷1092~1096辑有其文92篇，《吕公著著述考》中别辑得12篇。