吕师囊在梁山军队功进润州丹徒县后，带着残兵逃到常州，后常州也失守了，结局被徐宁刺死。

梁山军队占领了丹徒县以后，吕师囊带兵逃到常州，因金节于许定不和，常州也沦陷了。
梁山军队攻下润州后，又继续占领了丹徒县，吕师囊又带残兵逃往常州。常州守城统制官钱振鹏带副将许定、金节迎接，表示愿协助收服润州。而宋江则把梁山众将分成两拨：卢俊义带兵打宣、湖二州，宋江带兵打常、苏二州。
宋江所部进攻常州，钱振鹏出战被关胜所杀。交战数场后，双方各有损兵折将。金节与许定不睦，有归降宋朝之心，便暗中与宋军联络，里应外合，让宋江军马取了常州。吕师囊带着许定，从南门逃出。

吕师囊失去常州以后逃到了苏州向方貌求助，后带兵去无锡县攻打宋军，被徐宁刺死。
吕师囊和许定退到无锡县，但宋将军马很快也追击到来，无锡县也被攻占。吕师囊只得带着许定和六军指挥使卫忠奔到苏州城向三大王方貌求救。方貌大怒，要斩吕师囊。被卫忠求情，因此得免。方貌命吕师囊带兵去无锡县攻打宋军。吕师囊过了寒山寺，宋江便得知，于是带兵出来迎战。两军相遇，吕师囊亲自出战，宋江麾下徐宁接战，约战了二十余合，吕师囊露出破绽来，被徐宁肋下刺着一枪，搠下马去。吕师囊在《水浒传》中的情节到此便终结了。
以上情节根据120回本《水浒全传》概括，但在其他现存版本中（金圣叹之70回本为例外），除了回目略有不同外，涉及吕师囊的情节基本上都是一致的。