《清明上河图》各个地方，国内外都有收藏，最早由北宋收集，靖康之难后开始流出。

最早由北宋收藏，靖康之难后开始流露在外，最后明代太监偷出宫外，真迹不知去向。
《清明上河图》自问世以来，历代都有临摹本，且大小繁简不同。各地方的公私藏家手中有许多摹本和伪造本，外国博物馆所藏也有好几卷。据统计，目前国内外公私所藏的《清明上河图》摹本有30幅。
据说《清明上河图》历时十年完成，最早由北宋宫廷收藏，靖康之难后流入民间，历经辗转，后为南宋贾似道所得，元朝时期再度进宫，至正年间又被掉包，流落民间，后来落到宰相严嵩、严世番父子手上，严嵩倒台，图被没收，第三次纳入宫廷。经明代皇室收藏，后来太监冯保偷出，在画上加了题跋，之后真本又不知去向。

《清明上河图》最后被收藏在紫禁城的迎春阁内，现存在北京故宫博物院。

百年后，由清朝湖广总督毕沅收藏，毕沅死后，《清明上河图》第四次进宫，深藏紫禁城内。
清廷将《清明上河图》收入宫以后，便将它收在了紫禁城的迎春阁内。嘉庆帝对其珍爱有加，命人将它收录在《石渠宝笈三编》一书内。此后，《清明上河图》一直在清宫珍藏，虽然经历了1860年英法联军以及1900年八国联军两度入侵北京，洗劫宫室，但居然逃过了劫难，均未受损。
1911年以后，《清明上河图》连同其他珍贵书画一起，被清末代皇帝溥仪以赏溥杰为名盗出宫外，先存在天津租界内的张园内。1932年，溥仪在日本人扶植下，建立伪满洲国，于是这幅名画又被带到长春，存在伪皇宫东院图书楼中。
关于真迹现存
一种说法是只有现存北京故宫博物院的这一幅才是真迹（大多数人承认）。
另一种说法是台北故宫博物院另藏一本，被视为真迹。