朱纨大败倭寇，又得罪了闽浙地主豪绅，被人弹劾而自杀，《明史》记载称其清强峭直，勇于任事

朱纨筑塞双屿，堵击倭寇，得罪了闽浙地主豪绅，大败倭寇，却被人弹劾而自杀

嘉靖二十七年（1548年）四月，他指派都司卢镗率福清兵由海门进兵，攻克倭寇巢穴双屿港，活捉日本人稽天和中国海盗许栋等，并筑塞双屿，堵击倭寇。又将捕获之通倭罪犯统统处死。朱纨的行动触犯了闽浙地主豪绅的利益，又因在日本贡使周良的处置问题上，与主客司、福建籍的林懋和发生矛盾，招致闽人官僚仇恨。七月，吏部采御史、闽人周亮及给事中叶镗言，奏改纨为巡视，以弱其权。纨愤而于次年春上疏争之，并陈明国是、正宪体、定纪纲、扼要害、除祸本、重断决六事。
嘉靖二十八年（1549年）三月，俘获海盗李光头等九十六人，亦尽诛之。而御史陈九德却劾其擅杀。朝廷遂革纨职，朱纨愤而自杀，朝野为之叹息。但自此明廷罢巡视大臣不设，中外不敢言海禁事，海防废弛，倭寇更加猖獗，荼毒东南沿海十余年。朱纨有后人所辑《甓余杂集》十二卷传世。

《明史》记载朱纨严海禁，执法既坚，势家皆惧，清强峭直，勇于任事
《明史》：①朱纨欲严海禁，以绝盗源，其论甚正。②纨执法既坚，势家皆惧。③纨清强峭直，勇于任事。