方从哲在“边事之战”过程中，原本称病在家，他对于这次作战的影响其一请发军饷，影响其二亲自写信催促进兵

方从哲对于“边事之战”的影响其一，请发军饷，虽人心感激，然杯水车薪
万历四十六年四月方从哲奏请「速下章奏、发帑金。」至于应军饷的具体数量，万历四十六年五月，廷臣会议辽事时，「先议粮饷一百万两，太仓、太仆、工部合得五十万两，此外五十万两，不能不仰望于内帑。」为此，首辅方从哲曾奏请神宗：发内帑银五十万，共成百万，以充援兵之费。此但为一时防御计，未尝议及大举也。」故当时筹措军饷，以达银百万两为目标，尚勉强能充援兵之费。然而当时国库缺饷，黄克缵在〈与阁下方相公〉，信中曾云：「南都积贮无几，而户、兵二部借至三十五万，几于倒藏而出矣，南户部此时仅银二十三万余两，借出二十万，则旦夕之间，无银给军。」
而当时神宗暂发帑金十万应急，从哲认为神宗所发帑金十万之举，虽人心感激，然杯水车薪，希望再拨内库盈余，以应军需。然神宗随即传谕内阁以内库不足，予以拒绝。其后方从哲虽屡疏奏请发帑，甚至亲赴宫门求见神宗，仍然不得见。
 

方从哲对于“边事之战”的影响其二，朝议时唯恐用兵过久，希冀速战速决，方从哲写信催促进兵
当时一线将领多认为准备不够充分。但是朝议时唯恐用兵过久，影响国家财政，希冀速战速决。而赵兴邦等人，又不知用兵之法，因此发红旗促战，且方从哲写信催促杨镐，于是双方大战提前展开。
这一点历来为人诟病，加上此后从哲力保兵科给事中赵兴邦，引发东林众人攻击。但是考虑到当时财政的困难（见上文1、请发军饷），这一点也是无可奈何的行为。
然而无论如何，辽东的失败方从哲作为当局宰相，不可能不负责，因此他一度引咎，但再次未获批准。此举遭到了更大规模的攻击。方从哲的声望，开始大大下降。