有关学者考证认为马士英并非被清军所俘而死，而是隐居多年寿终正寝

野乘之说马士英并未在与清军交战中而死，其隐居后寿终正寝
近些年，有学者根据明末清初诸多稗官野史的记载，考证出马士英并不如《明史》所载在南明弘光政权灭亡后死于清军之手，而是隐居存活了二十载，生前最后六年是在江西青云圃道院同八大山人一同度过的。
马士英在正史中最后出现，是1646年。《明史·马士英传》中这样写道：“南明弘光朝亡后次年，士英与长兴伯吴日生俱擒获，诏俱斩之。事具国史。”而野史记载，马士英逃遁出家，后被清兵抓获降清，但因与明军暗通关系被杀。死后，马士英背负奸臣骂名消失在史册中。
而据马士英研究权威专家、江西省收藏家协会会长陈江先生认为，马士英并未变节降清，也未被杀。他的考证是：南明弘光二年至清顺治十八年约十有六年间，马士英息影；清顺治十八年隐身南昌青云圃道院，康熙五年寿终正寝。

隐居之说源于后“马道人”出现在青云圃道院被论证认为是马士英

此说无疑给马士英平添了二十多年、在正史野史中不存在的阳寿。这从何说起？陈江先生自言，是在检阅清初民间戏曲的过程中，发现了马士英自南明弘光二年至清顺治十八年约十六年的踪迹的。清嘉庆四年华广生编有《白雪遗音》一书，卷一《马头调·太子逃难》、《藏舟》等原剧中写有“马瑶草夫妻双双来救驾，兴起帝王家”的秘史，“瑶草”即马士英的别字。通过多种材料参校互证，陈江得出了这样的结论：期间，马士英亡命赣西新喻，托庇简氏家族；载有这段秘史的《马头调·太子逃难》、《藏舟》等戏曲，突破并颠覆了清初官书野乘对马士英史料史实的封锁与屏蔽，与脍炙人口的《桃花扇》唱起了对台戏。
清顺治十八年，一个名叫“马道人”的人出现在八大山人创建的江西青云圃道院。清康熙《青云圃志略·人物》载：“马道人者……年可六十许，肢体雄伟，须眉间，另具一色相。”又清康熙《池北偶谈》卷二十五《谈异·化鹤》载：“康熙初，忽有伟丈夫襆被来宿，貌甚雄奇……莫测也。”寥寥数句，马道人窜伏草莽暂栖方外的末路英雄、乱世豪杰的形象跃然纸上。陈江先生将马道人“讳莫如深”的诗文、偈语，引经据典，以诗、志、史的方式论证这位“马道人”就是马士英。他自认为，“此一论证，不仅扑破了明清官史、稗史诬‘马死’的弥天谎言，亦是管窥马士英晚年政治立场及思想观念演变史的璞玉浑金”。