清军来犯攻陷各地，何腾蛟为保护永明王仍积极抵御清兵

何腾蛟讨平当地土寇，后清兵攻陷长沙，何腾蛟逃往永州
崇祯年间，任南阳知县。在为母守丧期间，辞官不做。除去丧服之后，得到起用担任淮徐兵备金事，削平了当地的贼寇，使自己的辖区内一无战事，格外平静。
顺治三年（1646年）永明王即位，腾蛟被封武英殿大学士。加封太子太保。
顺治四年（1647年）春天，进才扬言缺乏军晌，在当地大肆抢劫，并且一直抢到湘阴。恰好大清兵到达长沙，进才逃往湖北。腾蛟不能把守，单枪匹马逃往衡州，长沙、湘阴一同失陷。卢鼎此时把守衡州，而先璧的军队突然到来，大肆掳掠。卢鼎不能抵抗，逃到永州。先璧于是挟持腾蛟到祁阳，又从小路到辰州。腾蛟半道逃脱回来，到了永州。

何腾蛟之前所推荐刘承胤日渐骄横，后降于清军，何公仍率军抗清

同年六月，腾蛟在白牙。永明王暗中派遣中使告诉他刘承胤的罪行，命令他到武冈除掉他。腾蛟于是前去拜见永明王，永明王和王太后都召见了他。承胤起初是一个小校，凭腾蛟推荐做到了大将，现在已经渐渐地骄傲起来。
同年八月，大清兵打下武冈，承胤投降了。永明王先逃往靖州，后来又到了柳州。当时常德、宝庆已经丢掉了，永州也再次陷落。永明王打算返回桂林，而桂林城中只有焦琏的微弱兵力，腾蛟率领印选、一青的部队进城支援他们。可是南安侯郝永忠也突然带着一万多兵力到来，打算同焦琏的军队作战，恰好宜章伯卢鼎的军队也到了，腾蛟三下里为他们相互调剂，桂林才安定下来。子是腾较派遣焦琏、永忠、卢鼎、印选、一青分别把守兴安、灵川、永宁、义宁各州县，腾蛟率领五位将领联合抵御。