朱由检在军事上遭后金反间斩杀大将，在文化上著有《崇祯历书》

崇祯帝军事上早期重用袁崇焕，后因后金离间将其斩杀

在东北，努尔哈赤在万历年间经过30多年的征战统一了女真族的全部。之后正式称汗，建立后金，接着努尔哈赤便开始了对明朝的进攻。
崇祯帝启用已经解职回乡的大将袁崇焕出任兵部尚书，督师蓟辽，平息后金叛乱。努尔哈赤被袁崇焕用大炮打死后，儿子皇太极继承了他的汗位，但是疑心太重的崇桢帝中了皇太极的反间计，结果是袁崇焕被凌迟处死，然后传首边关示众，尸体被北京民众争买而食，家被抄，但家无余资。袁崇焕死后，副将祖大寿闻讯大惊，率领部下毁坏山海关而出，直奔锦州，投奔后金。祖大寿给他的外甥吴三桂写了一封招降信，但这时的吴三桂不从。祖大寿投降后，崇祯帝派蓟辽总督洪承畴统领吴三桂等八总兵共十三万人前往救援锦州，洪承畴在镇压李自成的征战中，立了大功，但在锦州被围了六个月，食尽，被俘，投降后金，吴三桂逃走。锦州之战标志着明朝在辽东防御体系的完全崩溃，在关外只剩下宁远一座孤城。

朱由检在文化上进行改革，吸收西方天文学知识，著成《崇祯历书》
崇祯二年，钦天监测量日食再次失误，而同时徐光启依靠传教士的帮助，运用西法测量却相当精确，符合天象。当崇祯皇帝责怪钦天监时，钦天监官员据实说，《大统历》承《授时历》已久，他们只是在开国二百六十年后遵守旧法而已，若因循守旧下去，以后不能无差。礼部就此再奏请开局改历，才得批准。至此开始，徐光启以六十八岁的高龄被朝廷委任为管理部事的礼部左侍郎，开创了划时代的伟业——纂修《崇祯历书》。
明朝聘请来华耶稣会的龙华民（意大利人，参与短期编制）、罗雅谷（葡萄牙人）、邓玉函（瑞士人，参与短期编制）、汤若望（日耳曼人）等人参与译书，编译或节译哥白尼、伽利略、第谷、开普勒等著名欧洲天文学家的著作。从崇祯二年到崇祯七年陆续编成书。
《崇祯历书》是中国最早吸收西方先进天文学知识对中国传统历法进行改革的大型学术著作。它全面系统地介绍了西方天文学知识，形成了对中国已相对落后的传统天文学的冲击，使中国天文学的发展从此走上了一条吸收和融合西方天文学为主的新路，对推动中国天文学向近代模式发展有相当重要的作用。
《崇祯历书》完成后，明末朝廷已陷入动荡之中，新历法还未及颁行，几个月后李自成即攻入北京，推行新法之事功败垂成，终明之世未得实施。