作者：朱之瑜
永历三十六年，朱之瑜在日本大阪去世，享年83岁
永历三十五年（公元1681年）朱之瑜因水土不服而致病，全身遍生疥疮，卧床不起。明年（永历三十六年，公元1682年）四月，即顾炎武辞世三月后，朱之瑜在日本大阪逝世，享年83岁。安葬在历代水户藩主的墓地瑞龙山（茨城县常陆太田市）。为了纪念他不忘故国，坟墓特建为明朝式样，碑文题“明徵君子朱子墓”，私谥“文恭先生”。德川光国率诸朝士临其葬。朱舜水死前遗言：“予不得再履汉土，一睹恢复事业。予死矣，奔赴海外数十年，未求得一师与满虏战，亦无颜报明社稷。自今以往，区区对皇汉之心，绝于瞑目。见予葬地者，呼曰‘故明人朱之瑜墓’，则幸甚。”朱之瑜一直企望中原能有恢复的那一天，为此，他滞日期间生活十分节俭，死时居然储蓄了三千馀金。这是他希冀恢复国家的经费。
其日本学者今井弘济、安觉济为他们的中国老师写下悼文：“呜呼先生，明之遗民。避难乘槎，来止秋津。寤寐忧国，老泪沾巾。衡门常杜，箪瓢乐贫。韬光晦迹，德必有邻。天下所仰，众星拱辰。既见既觐，真希世人。温然其声，俨然其身。威容堂堂，文质彬彬。学贯古今，思出风尘。道德循借，家保国珍。函丈师事，恭礼夤宾……” 在他死后周年时，安东守约在祭文中哭道：“呜呼先生，知我望我。今也既逝，学殖云堕。有疑谁问？有过谁督？有事谁计？有怀谁告？”
朱之瑜死后，为了纪念他，在他临终的地方为他立了石碑
朱之瑜死后，德川光国派人整理了他的遗稿，日本正德五年（公元1715年）刊行了《舜水先生文集》全28卷。东京大学农学院内至今立有“朱舜水先生终焉之地”（朱舜水先生临终之地）的石碑。日本汉诗长老小野湖山在青年时代访水户谒朱舜水墓时曾作过一首《朱舜水先生墓》：
安危成败亦唯天，绝海求援岂偶然。
一片丹心空白骨，两行哀泪洒黄泉。
丰碑尚记明征士，优待曾逢国大贤。
莫恨孤棺葬殊域，九州疆土尽腥膻。
