孙士毅先后参与缅甸战役、平定林爽文叛乱、讨阀安南国阮惠谋反等重大军事活动

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孙士毅一生战功卓著，先随大学士傅忠勇王师征缅甸，后平台湾林爽文反，又讨阀安南国阮惠谋反，西藏廓尔喀用兵督粮，打击黔楚苗叛、湖南白莲教反等。但孙士毅“能不自恃，贵不自矜”。老成端谨，练达有为。丹赤一心，为国效力。

其他评价
《清史稿》：士毅入安南，度重险，寀入其庭。是时诸将多骄侈，士毅独廉，盖亦有不可没者。
《御制平定台湾二十功臣像赞》：两广总督一等轻车都尉孙士毅。粤闽接境，唇齿相依。资邻守己，均合时机。向任部员，曾随出师。文武干才，超锡允宜。
《孙士毅墓志铭》：公之为治，廉敏而仁强；意在合人情，宜民事。凡居处省约，舆从减少。
乾隆帝：所见正大，深合朕意。
嘉庆帝：士毅克黎城，皇考命班师。士毅意在贪功，迟延失事，兵溃入关。所奏多有虚饰。朕体皇考遗意，未予追求。今均既病废，士毅原授伯爵当裁撤，并令均出旗归原籍。
袁牧：每日晨起除校簿书、见属吏外，一切章奏尺牍，亲自操觚，洒洒千言，词藻法书皆可付诸石刻。
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孙子：孙均。