那彦成在天理教起义爆发后，任钦差大臣协助平定教乱，平定有功被授予太子少保衔

嘉庆十八年天理教起义爆发，那彦成任钦差大臣，协助平定教乱，平定有功被授予太子少保衔，加封三等子爵 

嘉庆十八年（1813年），天理教起义爆发。起义由天理教首领、北京黄村的林清和河南滑县的李文成主导。 清廷命令时任直隶总督温承惠镇压，因温承惠镇压不力，又派陕甘总督那彦成为钦差大臣，节制直隶、山东、河南各路清军，一并镇压起义。同时清廷还征调杨遇春助战。
那彦成从陕西潼关出发，由孟津横渡黄河，抵达河南卫辉。到达卫辉后，那彦成得知滑县一带共有起义军三万人之多，便集结兵力，对起义军采取围剿攻打的战术。 李文成的起义军落入了圈套之中，李文成及众首领自焚身亡，起义失败。那彦成以此被授予太子少保衔，加封三等子爵，赏戴双眼花翎，赐祭拜其祖父阿桂墓，同时任命那彦成为直隶总督。

嘉庆二十一年，那彦成因滥用赈粮款项受到弹劾，再次被贬，本应被判死刑，后因迅速赔偿银两改为发配伊犁军台效力赎罪
嘉庆二十一年（1816年），那彦成因在陕甘总督任上滥用赈粮款项一事受到弹劾，下狱，应判处死刑。后因他迅速赔偿银两，改为发配伊犁军台效力赎罪。此时正赶上那彦成母亲去世，嘉庆帝念其镇压天理教有功，对其免予发配。