黎元洪被袁世凯视为心腹大患，后出任大总统，晚年致力实业

袁世凯视黎元洪为心腹大患，袁死后出任大总统，与段祺瑞形成府院之争

1913年袁世凯扑灭“二次革命”。10月6日袁世凯任中华民国正式大总统，黎元洪为正式副总统兼鄂督。但袁对黎元洪在鄂视为心腹之患。12月派段祺瑞到鄂，以“磋商要政”为词，迫黎元洪赴京。被安置在瀛台，与之结为儿女姻亲以控制之。1915年袁世凯帝制自为，黎迁居东厂胡同，闭门谢客。12月15日，袁册封黎元洪为武义亲王。黎元洪坚辞不就。
1916年6月6日袁世凯死，黎元洪出任大总统。而国务总理段祺瑞独断专行，演成“府院之争”。翌年6月，黎元洪引长江巡阅使张勋入京斡旋，7月1日张勋复辟，黎元洪被迫弃职。
1922年6月，直系军阀曹锟、吴佩孚赶走皖系总统徐世昌，“法统重光”再任大总统。次年初曹锟贿选，逼黎下野。6月黎元洪辞职赴天津。

黎元洪晚年致力于实业，承担修建黎氏宗祠费用，后因病逝世

黎元洪晚年致力于实业，曾任中兴煤矿董事长、黄陂商业银行总董事和南洋兄弟烟草公司等企业的董事。投资企业45个，其中银行17家，工厂12个、煤矿6家，总投资额达200万元。又于武昌油坊岭等地购置大量田产。
1920年，黎元洪眷念故乡，捐资拆迁黎家河祖遗的一间半屋，修建黎氏宗祠。内设孝义小学堂，聘请塾师一人，塾师工资及学生学杂费用，都由黎元洪负担。
1928年6月3日，黎元洪因为脑溢血在天津去世。黎死后，以国葬的形式葬在土公山（现华中师范大学东南门附近）。
1935年11月24日中华民国国民政府于武昌为黎元洪举行国葬典礼，遗体归葬于武昌卓刀泉。