1945年8月，中国人民经过八年浴血奋战，取得了抗日战争的伟大胜利。为了迅速恢复教育，南京开办了三所国立临时中学。南京五中的前身是国立第二临时中学，于1945年10月筹建，12月1日开学。翌年8月，学校改归市属，更名南京市第五中学。1951年春，南京青年会中学并入南京五中。
上世纪五十年代，学校遵循和贯彻陶行知先生的“平民教育”思想与“行知合一”理念，在教学中倾注对每个学生的关爱与帮助，注重理论联系实际和启发思维，大力开展各项学科活动和文体活动，取得了显著的办学成果。1953年学校被确定为江苏省首批14所省级重点中学之一。1956年学校又被确定为全国实施“基本生产技术教育”的十所重点中学之一，并被列为对内对外开放学校。1960年国家颁布《中学暂行条例》，南京五中被指定为“实行新计划、新大纲、新教材”的试点学校，全校工作走上了以教学为中心、全面贯彻教育方针的正确轨道。
改革开放以来，学校继续坚持正确的办学理念，制定明确的奋斗目标，加强教师队伍建设，不断完善学校管理，已把五中办成一所拥有优美校园环境、深厚文化底蕴、高水平教师队伍、优良校风校纪和出色教学质量的重点中学。1997年初，南京五中再度进入江苏省重点中学行列。2005年初，学校被命名为江苏省四星级普通高中。
学校坚持“推进内涵发展，打造精品高中”的目标，教育教学质量连年提高，形成了自己鲜明的办学特色。
五中办学60多年来，为社会培养了数以万计的各类人才。两院院士、核物理学家乔登江、陈达，文学家周而复、余光中（台湾），剧作家张弦、沙叶新，音乐家吴祖强、杨鸿年，澳大利亚工程院院士唐文华，北京市市长郭金龙、商务部副部长魏建国等都是五中校友。
五中弘扬“平民教育”思想，坚持平等地对待每一个学生，从最后一名学生抓起，让每个学生都有进步，为学生的终身发展奠定基础。
五中有自己独特的教师培养和发展机制。本校教师队伍中先后成长出9名江苏省特级教师，1名教授级高级教师。
五中学生纯朴，学风浓厚;教师勤奋，教风严谨。是我市中学最早的教科研项目中心。学校连续多年获得“省文明单位”、“省教育先进集体”、“省心理教育名校”、“双无先进学校”（无青少年犯罪，无侵害未成年人合法权益）、江苏省首届“和谐校园”、南京市“师德群体”等称号。
当前，全校师生正满怀热情，在已取得成绩的基础上，进一步推进素质教育，深入开展课程改革和课堂教学改革，为把五中办成全校师生愉快的学园、成长的乐园、温馨的家园，办成一所拥有科学教育理念、浓郁校园文化、鲜明办学特色和优秀教育质量的精品独立高中而奋斗。
严谨民主求实创新 学风
勤学善思求真求精 教育理念
学校坚持“育人为本、以德树人、科研兴校、质量立校”的办学理念，“推进内涵发展，打造精品高中”的目标，务实求真，不断进取，教育教学质量连年提高，形成了自己鲜明的办学特色。 办学目标
推进内涵发展，打造精品高中 办学特色
学校坚持以人为本，坚持落实科学发展观，构建现代学校管理制度。学校秉承“敦品力学”校训，积极实施素质教育，在长期的办学过程中形成了“全面发展打基础，发展个性育人才”的办学特色。学校坚持邓小平同志提出的“三个面向”的教育理念，审时度势，确定并实施“321“工作思路（大力抓好制度、队伍、管理三大建设，不断推进新课程和学校内部人事制度两大改革，最终实现办“‘第一’的中学”的奋斗目标），采取各种有效的教育手段，挖掘各种教育资源，创造各种适合学生施展才华的平台，促使各种不同潜质、天赋、性格和家庭文化背景的学生都得到最充分的发展，得到全面而有个性的发展。
1945年12月1日国立第二临时中学建立，借用国立中央高级助产学校（现妇幼保健医院）校舍办学，校长沈祖懋。1946年5月曾开设三个师范班，共数十人，1947年底大部分师范生转入市立师范学校，少部分转为本校高中生。
1946年8月学校改归市属，更名为南京市立第五中学。
1947年3月南京五中新校舍落成，校址迁至三茅巷7号之1。
1949年5月12日南京市军管会接管五中，28日委任张一之为校长，李子盘为党支部书记。
1949年8月南京五中接受左所巷中正中学校址校产，1953年在该校址开办初中分部，1956年停办，校址划归南京医学院。
1950年南京五中开办业余中学，1956年终止。
1951年3月南京五中接受南京青年会中学并入，并接受莫愁路青年会中学校址校产。
1953年南京五中接受校园西侧的天妃巷明德小学校址校产，购置校园东侧的三茅巷民房一片，校门移至天妃巷5号（现121号）。原青年会中学校址校产同时划出，后开办建邺区第一中心小学。
同年，南京五中被确定为江苏省首批14所重点中学之一。
1956年南京五中被确定为全国实施“基本生产技术教育”的10所重点中学之一， 同时定为对内对外开放学校。同年，学校开办“五中实习工厂”，1958年扩建为“五中机械厂”，1960年厂址迁至原天妃巷小学，1962年迁回学校，1984年转产更名为“南京万向轮车厂”，2002年停办。
1958年学校在南郊西善桥开办“五中农场”，1962年停办。
1960年国家颁布《中学暂行条例》，南京五中被确定为实行“三新”（新计划、新大纲、新教材）的试点学校。同年，学校开办两个中等师范班，1961年毕业。
1970年南京五中在湖山煤矿开设矿办中学，1973年撤回。
1995年南京五中被命名为南京市重点中学。
1996年南京五中在上新河中学设立南京五中高中寄宿分校，2002年底，因区划调整划归上新河中学。
1997年初南京五中再度被命名为江苏省重点中学。
2000年南京五中接受凤凰庄49中校址校产，开办致远中学（南京五中初中分部），2002年底因区划调整划归29中。
2003年南京五中改制为独立高中。
2004年南京五中由江苏省重点中学转为江苏省三星级高级中学。
2005年初南京五中被命名为国家级示范高中和江苏省四星级高中。
郭金龙：现任中央政治局委员，北京市委书记。
魏建国：商务部原副部长，现任中国国际经济交流中心秘书长，中纪委委员。
周而复：文学家。文化部原副部长，中国作家协会名誉委员，中国书法家协会顾问，著名作家。
余光中：当代著名诗人和评论家。台湾中山大学文学院院长。
陈锡蕃：台湾政策研究基金会国安组召集人、美国马里兰大学客座教授、台湾师范大学翻译所客座教授。
乔登江：核技术应用专家。中国工程院院士。
吴祖强：音乐家。原中央音乐学院院长，中央音乐学院博士生导师，中国交响乐发展基金会会长。
沙叶新：国家一级编剧。中国戏剧家协会常务理事、原上海戏剧学院院长。
杨鸿年：著名指挥家、教育家。中国音乐家协会理事、中央音乐学院指挥系教授。
刘若娥：女高音歌唱家，上海音乐学院声乐系教授、硕士研究生导师，曾任声乐系副系主任。
缪印堂：漫画家。中国美协漫画艺委会副主任。
速泰熙：著名书籍装帧艺术家。荣获“建国五十年产生影响的十位装帧家”和“儿童画十家”称号。
全校教师均有丰富的高中循环教学经历，对高中教学规律有全面而精深的研究。五中有自己独特的教师发展机制，不是靠从外面引进而是从本校教师队伍中成长出9名特级教师，1名教授级高级教师，6名国家级优秀教师和模范教师。现有教师队伍中，高级教师占57%，学科带头人、市名师、优秀青年教师占38%，硕士研究生占25%。有一批骨干教师被推选为省市教学研究会、考试研究会的理事，有七个主要学科教研组被评为省市先进教研组。并且，有许多教师是高考命题、阅卷专家组成员。
截止2014年1月，学校拥有特级教师6名，分别说省语文特级教师--赵志升、省语文特级教师--沈中尧、省数学特级教师--曹安陵、省数学特级教师--张志超、省英语特级教师--陈亭华、省英语特级教师--黄祖明。
校园环境
学校注重校园文化建设，校园生活丰富多彩，致力于提高学生的综合素质，经过多年的积淀，形成了优良的校风、严谨的教风和踏实的学风，为学生的健康成长营造了良好的氛围。全校教职员工人手一台工作电脑，每个教室装有多媒体音视频系统。计算机校园网、双向闭路电视系统等设施，为教师的教学和学生的学习提供了优质的资源。学校有多功能报告厅、演唱厅；学生机房、演播教室、电子阅览室；新改建的塑胶田径场、篮球场、排球场、网球场和室内体育馆；宽敞的带有空调设备的且安排专职生活老师管理的学生宿舍每年可以安排原浦口、大厂、栖霞、雨花等区的100名新生住读。现代化的教学设施为学生的学习、生活提供了优良的物质保障。
《托起明天的太阳》
词：叶庆瑞 曲：吴祖强
学校是知识的海洋，书本像是扬起的风帆
五中，我可爱的学园，美丽人生从这里起航
啊，探索进取求实向上
啊，我们肩负着祖国的希望
学校是成长的摇篮，歌声展开青春的翅膀
五中，我可爱的乐园，绚丽理想从这里飞翔
啊，诚朴严谨文明活泼
啊，平民校风代代传扬
学校洒满明媚阳光，师生像是亲密的伙伴
五中，我可爱的家园，互助亲情温暖心房
啊，以人为本勇于开创
啊，我们将托起明天的太阳
啊，以人为本勇于开创
啊，我们将托起明天的太阳
校长：陈亭华 党委书记：陈瑜 副校长：张兵 沈波 王薇 韩锦锦 校务办
主任：宋竹方助理：冯昕 教务处
主任：常美霞 副主任：徐明辉 管雪梅 德育处
主任：杨丽华 副主任：夏玉清 团委书记：冯昕（兼） 教科室
主任：杨静平 助理：王涛（小） 总务处
主任：于建宝 副主任：王华丽 年级组
组长：姚刚（兼） 徐雯宋洪海 管雪梅 刁亚军 方玉勇
学校地址：南京市莫愁路天妃巷121号（市妇幼保健医院、莫愁路基督教教堂隔壁）。
邮政编码：210004
服务电话：84227600、84227601；传真：84462386
交通线路：乘4、43、48、83路、中六线等公交车莫愁路站下，乘3、5、9、18路到新街口西站下，乘312路到秣陵路下，乘地铁2号线在上海路站下即可。
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