教育部指定北京大学、华东理工大学对口支援石河子大学，浙江大学、天津大学、华中科技大学、西北农林科技大学、江南大学、四川农业大学等高校对石河子大学实施援疆学科建设计划。
石河子大学有着60年的办学历史，建校最早的原石河子医学院前身诞生于 1949年9月中国人民解放军解放新疆的进军途中。
在长期办学历程中，学校始终与祖国同呼吸、共命运，党中央、国务院高度重视和关心学校发展。
周恩来总理、陈毅副总理、贺龙副总理、王震副主席等党和国家领导人曾亲临学校视察。
中共中央〔2004〕11号文提出，加大对石河子大学的支持力度。
2008年岁末，中共中央政治局委员、国务委员刘延东同志代表党中央、国务院写信向我校师生员工致以新年的慰问，并明确石河子大学进入国家“211工程”重点建设高校行列。
石河子大学植根祖国西北边陲，始终坚持“立足兵团、服务新疆、面向全国、辐射中亚”的办学定位，把培养适应经济社会发展需要的高素质复合应用型人才作为根本任务，稳步发展本科教育，大力发展研究生教育，积极推进留学生教育，构建了“多样化、高素质、强应用、重创新”的人才培养体系。
先后培养各类毕业生近9万人，为兵团和全国农垦系统培训各类管理和专业人才近 20万人。
学校成为屯垦戍边、建设边疆的重要力量，涌现出了拥有“百姓教授”称号的全国模范教师代江生教授和胡锦涛称其“为人师表，师德高尚”的全国模范教师孟二冬教授（北大支教老师）。
石河子大学拥有经济、法、教育、文、历史、理、工、农、医、管理等十大学科门类。
学校下设20个学院，拥有4个博士学位授权点，56个硕士学位授权点，71个本科专业，6个专业学位授权点，13个高校教师在职攻读硕士专业，3个博士后流动站（科研工作站）。
北京大学、天津大学分别在学校建立研究生培养基地。
设有国家大学生文化素质教育基地和国家大学生创新实验基地。
现有11个农业部、自治区、兵团重点学科，1个省部共建国家重点实验室培养基地，1个农业部重点实验室，2个教育部重点实验室，1个教育部工程中心，3个兵团重点实验室，2个重点文科研究基地，9个校级重点实验室或研究所，是兵团和自治区重点科研基地。
石河子大学坚持“以服务为宗旨，在贡献中发展”的办学理念，积极为边疆经济社会发展服务，形成了“以兵团精神育人，为屯垦戍边服务”的办学特色。
学校坚持走产学研一体化道路，发挥大综合、强应用的学科优势，形成了在新疆及国内凸显优势和特色的“荒漠绿洲区高效农业、动物遗传改良与疾病控制、新疆地方与民族高发病防治、农产品加工与食品安全、新疆特种植物资源与开发、新疆生产建设兵团经济与社会文化研究”六大学科群，并在这些研究领域取得了突破性进展。
近十年来，学校承担国家、省部级以上重点科研项目600余项，取得科研成果300余项，获省部级以上奖励200余项。
目前，学校公开出版发行《石河子大学学报》（分自然科学版（科技核心期刊）和社会科学版）、《新疆农垦经济》、《农垦医学》、《兵团教育学院学报》五种学术刊物。
石河子大学现有教职工2607人，专任教师1527人，其中特聘中国工程院院士2人、教育部“长江学者奖励计划”特聘教授1人、 “绿洲学者”7人，有国家级教学名师1人、教授152人，副教授450人，获国家或省（部）级有突出贡献中青年专家称号32人，入选新世纪优秀人才5人，享受政府特殊津贴专家80人。
学校面向全国31个省区招生，现有在校生30032人，其中普通本专科生21989人，硕士、博士研究生1906人。
同时，分别从俄罗斯、韩国、巴基斯坦、哈萨克斯坦、塔吉克斯坦等八个国家招收留学生 245人。
学校本科毕业生就业率连续多年保持在90%以上，位于新疆高校前列。
石河子大学拥有良好的教学、科研条件。
校园面积183万平方米，校舍面积95万平方米，实验室面积17万平方米。
拥有设施完善的图书馆、体育馆、游泳馆、田径馆、标准体育场等一批标志性建筑。
有附属医院3个，建筑面积33万平方米，床位数2950个。
图书馆藏书290万册，内有联合国粮农组织（FAO）藏书点。
学校校园绿化覆盖率达到43%，多次荣获卫生红旗单位、绿化模范单位、花园式单位、平安校园、绿色大学称号。
2008年，学校被评为全国精神文明建设工作先进单位。
石河子大学广泛开展对外交流与合作，先后与美国、俄罗斯、新西兰、加拿大、澳大利亚、奥地利、日本、韩国等国家30多所大学和科研机构开展了多层次、宽领域的交流合作，与北京大学、天津大学、华东理工大学、浙江大学、华中科技大学、西北农林科技大学、重庆大学、四川农业大学、江南大学、中国政法大学、武汉大学、中国农业大学、南开大学、西安交通大学等高校开展了全面合作。
目前，石河子大学正处在历史发展的新阶段，正朝着区域有特色、国家有贡献、高校有地位，充满生机活力的区域性高水平大学目标迈进！
1949年9月25日，中国人民解放军第一兵团卫生学校（原石河子医学院前身）在甘肃兰州成立。
1959年11月1日，新疆军区生产建设兵团农学院（原石河子农学院前身）在石河子成立。
1959年冬，新疆军区生产建设兵团会计培训队（原新疆生产建设兵团经济专科学校前身）在乌鲁木齐成立。
1960年9月，新疆军区生产建设兵团师范专科学校（原新疆生产建设兵团教育学院、师范专科学校前身）在石河子成立。
1990年，国务院学位委员会批准石河子农学院为硕士学位授予单位，设立4个硕士学位点：农业水土工程、作物栽培学与耕作学、植物病理学、农业经济管理。
1996年9月11日，农业部部属的石河子农学院与石河子医学院、兵团经济专科学校、兵团师范专科学校合并组建成立石河子大学，所属划归新疆生产建设兵团。
2000年8月19日，石河子大学列入西部大开发重点建设大学。
2001年9月7日，北京大学和石河子大学签订《北京大学对口支援石河子大学暨全方位合作协议书》。
2002年4月20日，石河子大学开始招收留学生，首批22名学生来自巴基斯坦。
2003年9月8日，国务院学位委员会批准石河子大学为博 士学位授予单位，设立作物栽培学与耕作学、动物遗传育种与繁殖、农业经济管理3个博士学位点。
2004年5月25日，教育部与新疆生产建设兵团决定共建石河子大学。
2004年，石河子大学成为新疆第一个通过教育部本科教学工作水平评估的高校。
2005年4月13日，石河子大学化学工程与技术等11个学科纳入教育部“援疆学科建设计划”，接受天津大学、浙江大学、华中科技大学、四川农业大学、西北农林科技大学的支援。
2005年6月16日，新疆军区与石河子大学签署依托培养协议，学校开始为部队培养后备军官。
2008年12月31日，石河子大学进入国家“211工程”重点建设高校行列。
2011年-2014年确定为教育部"卓越医生教育培养计划""卓越工程师教育培养计划""卓越农林人才教育培养计划"项目试点高校。
2012年，入选国家“中西部高校综合实力提升工程”重点建设高校行列。
2016年，成为国家“一省一校”重点建设高校。
2017年9月，入选国家“双一流”世界一流学科建设高校名单。
2018年3月，入选“部省合作共建高校”，纳入教育部直属高校序列。
科研平台
截至2015年3月5日，学校先有省部共建国家重点实验室培育基地2个，教育部省部共建重点实验室2个，教育部工程中心2个，国家地方联合工程研究中心1个、国家地方联合工程实验室1个，兵团重点实验室8个，兵团工程技术研究中心3个，兵团协同创新中心（培育）4个。自治区重点实验室4个，自治区和兵团文科重点研究基地4个（同时是自治区和兵团重点科研基地）。
省部共建国家重点实验室培育基地（2个）：新疆兵团化工绿色过程重点实验室、新疆生产建设兵团绿洲生态农业重点实验室。
教育部省部共建重点实验室（2个）：新疆地方与民族高发病实验室、新疆特种植物药资源重点实验室。
教育部工程中心（2个）：绿洲农业工程与信息化工程中心、新疆特色果蔬贮藏加工工程中心。
国家地方联合工程实验室（1个）：特色作物生产机械装备国家地方联合工程实验室。
农业部重点开放实验室（1个）：农业部绿洲作物高产生理与高效栽培重点开放实验室。
兵团人文社会科学重点研究基地（1个）：兵团屯垦戍边研究中心。
学术成果
截至2015年3月5日，学校主持国家“973计划” 项目2项、国家“863计划”课题3项、国家科技支撑计划项目6项、国家哲学社会科学重大招标项目4项、省部级以上科研项目2137项，取得科研成果300余项，获省部级以上奖励200余项，年度科研经费达1.51亿。学校坚持走产学研一体化道路，发挥大综合、强应用的学科优势，在“荒漠绿洲区高效农业与生态、动物遗传改良与疾病控制、新疆地方与民族高发病防治、新疆农产品高效贮藏与深加工、新疆特种植物药资源与开发、化工绿色工艺及新型材料技术、新疆特色农业生产机械化技术与装备、兵团经济社会发展”等具有区位优势和特色的研究领域取得了突破性进展。
学术资源
馆藏资源
截至2014年3月5日，石河子大学图书馆馆藏中、外文书刊300万余册，年订中、外文期刊3000余种、报纸180种，购入万方、维普、CNKI、Springer LINK、SDOS等中外文电子图书、期刊数据库等数字资源40余种，自建了《新疆棉花植保数据库》和《石河子大学学位论文数据库》；并与国内1000多个单位建立了资料交换关系；馆内珍藏有《四库全书》、《传世藏书》、《中华再造善本》等多部珍贵文献。
学术期刊
学校公开出版发行《石河子大学学报》、《新疆农垦经济》、《农垦医学》、《兵团教育学院学报》五种学术刊物。《石河子大学学报》（哲学社会科学版）被中国人文社会科学学报学会评为“第二届全国优秀社科学报”。《石河子大学学报》（自然科学版）被评定为《中国科技论文统计源期刊》?“中国科技核心期刊”，并被收入中国科技论文与引文数据库（CSTPCD）。
学术交流
夏季的石河子大学校园2012年，学校先后举办第十届“海峡两岸三地植物分子生物学与生物技术”研讨会、新疆非物质文化遗产保护与文化产业发展学术研讨会、新疆棉花经济发展论坛、2012年环太平洋地区集成电路技术（PROFIT）论坛、新疆非物质文化遗产保护与文化产业发展学术研讨会等，2013年，学校举办了第一届西部生物医学国际论坛等。
学院
截至2017年11月8日，学校有经济、法、教育、文、历史、理、工、农、医、管理、艺术等11大学科门类，下设92个本科专业。学校有附属医院4个。
人文社会科学学部 石河子大学经济与管理学院 石河子大学政法学院 石河子大学马克思主义学院 石河子大学外国语学院 石河子大学商学院 石河子大学体育学院 石河子大学文学艺术学院石河子大学兵团教育学院石河子大学师范学院理学科学学部 石河子大学理学院 石河子大学生命科学学院 工程科学学部 石河子大学机械电气工程学院 石河子大学食品学院 石河子大学信息科学与技术学院 石河子大学化学化工学院 石河子大学水利建筑工程学院医药科学学部 石河子大学医学院 石河子大学药学院农学科学学部 石河子大学动物科技学院 石河子大学农学院其它石河子大学高职学院石河子大学继续教育学院石河子大学科技学院石河子大学孔子学院资料来源：石河子大学官网
机关单位
党群机构
行政机构
直属单位
附属单位
科研机构
人文社会科学
中亚文明与西向开放协同创新（培育）中心 新疆少数民族教育发展与教育政策研究中心
兵团屯垦戍边研究中心 公司治理与管理创新研究中心 兵团屯垦经济研究中心
新疆非物质文化遗产研究中心 新疆社会治理现代化研究中心 中国特色社会主义理论体系研究中心
兵团金融发展研究中心 棉花经济研究中心 农业现代化研究中心
石河子大学心理应用研究中心
工程科学
新疆特色果蔬贮藏加工教育部工程研究中心 绿洲农业工程与信息化教育部工程研究中心
特色作物生产机械装备国家地方联合工程实验室 特色果蔬国家地方联合工程研究中心
空间信息获取与应用技术国家地方联合工程实验室 新疆兵团化工绿色过程国家重点实验室
兵团农业机械重点实验室 现代节水灌溉兵团重点实验室
氯碱化工清洁生产与产品高值化技术协同创新（培育）中心 兵团空间信息工程技术研究中心
新疆兵团特色果蔬加工工程技术研究中心 材料化工工程技术中心
材料化工重点实验室 农产品加工工程重点实验室
农业部西北农业装备重点实验室
医学科学
新疆地方与民族高发病教育部省部共建重点实验室 新疆植物药资源利用教育部重点实验室
新疆地方性高发病国家国际科技合作基地 西部地区高发人兽共患传染性疾病防治协同创新中心
农学科学
新疆兵团绿洲生态农业国家重点实验室 特色果蔬栽培生理与种质资源利用兵团重点实验室
新疆绿洲农业病虫害治理与植保资源利用重点实验室 棉花生产技术现代化协同创新中心
动物疾病防控兵团重点实验室 动物遗传改良与疾病控制重点实验室
动物健康养殖国际联合研究中心
学科建设
学校现有经济、法、教育、文、历史、理、工、农、医、管理、艺术等11大学科门类。拥有8个一级学科博士学位授权点，26个一级学科硕士学位授权点，16种硕士专业学位授权类型，92个本科专业，3个博士后流动站（科研工作站）。现有国家一流建设学科1个，国家级重点(培育)学科2个，自治区重点学科10个。
博士后流动站（2个）：作物学、农业经济管理学。
博士后科研工作站（1个）：产业管理部。
一级学科博士学位授权点（5个）：农业工程、作物学、园艺学、畜牧学、农林经济管理。
一级学科硕士学位授权点（23个）：应用经济学、马克思主义理论、教育学、生物学、生态学、统计学、机械工程、水利工程、化学工程与技术、农业工程、作物学、园艺学、农业资源与环境、植物保护、畜牧学、兽医学、草学、基础医学、临床医学、药学、护理学、工商管理、农林经济管理 。
硕士专业学位授权类别（9种）：资产评估硕士、教育硕士、工程硕士、农业推广硕士、兽医硕士、临床医学硕士、护理硕士、工商管理硕士（MBA）、会计硕士。
国家重点学科（1个）：作物栽培学与耕作学。
国家重点学科培育点（1个）：农业经济管理。
自治区级重点学科（13个）：作物栽培学与耕作学、应用化学、化学工程与技术、作物学、植物保护、农业机械化工程、农业水土工程、畜牧学、园艺学、病理学与病理生理学、预防兽医学、农业经济管理、生物化学与分子生物学。
校徽
石河子大学校徽校徽为圆形，内圆为绿色，中间白色草书“天山”图形，表示石河子大学位于天山北麓的绿洲新城，同时象征着石河子大学勇于创新、敢于拼搏、不断攀登新的高峰；外圆以白色为底，上半部是江泽民主席题写的“石河子大学”，字为橙红色，体现了国家领导人对该校的关怀和重视，下半部是石河子大学的大写英文字母“SHIHEZI UNIVERSITY”，为绿色。
校训
明德正行 博学多能
1．明德：明，光明，明亮；德，道德、美德。明德，意在使美德发扬光大。语出《大学》：“大学之道，在明明德，在亲民，在止于至善”。
2．正行：正，端正，符合标准；行，行为，行动；正行，意在使行为端正，举止符合礼仪规范。
3．博学：博，丰富，通晓；学，学问，学识；博学，是指学问广博精深。语出《中庸》：“博学之，审问之，慎思之，明辨之，笃行之。”
4．多能：多，很多，多种；能，能力，才能。多能，是指具有多方面才能。
校风
团结 务实 求真 创新
1．团结：团，团聚，会合；结，凝聚，凝结，结合。意为集中各民族力量为实现共同理想而联合起来。
2．务实：务，从事，致力；实，真实，实际。意为从事或致力于具体的工作和学习，讲究实际，不尚空谈，不求浮华。
3．求真：求，追求，探求，寻求；真，真理，真知，真实。意为工作和学习都要不断追求真理，探求真知，寻求真实。
4．创新：创，创建，创造，创立；新，新鲜，新颖，新意。意为工作和学习都要勇于开拓和创造，吐故纳新，推陈出新，破旧立新。
阐释：风是一种景象，一种习俗，一种教化，一种态度，一种操守。设教兴学，开物成务，移风易俗，必须在端正学校风气上下功夫，此之谓“开风气之先，行教化于后”。
石河子大学校设教西北边陲，生存条件和发展环境相对落后，建校60余年来，受军队传统和兵团精神的熏陶，形成了“团结、务实、求真、创新”的良好风气。
学校的校风，是学校的形象，是学校的品格，是学校的旗帜。
“团结、务实、求真、创新”之校风，体现了石大学人以团结为本，以务实为尚，以求真为美，以创新为荣的风范和学养。
校歌
《母校，我永远的家园》
天山下，玛河畔
有我可爱的校园
育桃李，播书香
悠悠岁月散发芬芳
这里知识在传播
这里科学在照耀
别父母，离故园
明月伴我赴边疆
戈壁中，绿洲上
壮志酬我青春飞扬
这里荒原被唤醒
这里文明放光芒
啊~我的校园
我们和你永远相伴
啊~我的母校
是我永远留恋的家园
党委书记 夏文斌
党委副书记、校长 代 斌
党委副书记 郑旭荣
党委副书记、纪委书记 许先锋
党委常委、副校长 马春晖
党委常委、副校长 陈旭东
党委常委、组织部长 赵 军
党委常委、副校长 童军茂
党委常委、副校长 叶含春
党委常委、副校长 李孝光
党委常委、副校长 李光泗
张庆黎 ：中共十九届中央委员，十三届全国政协副主席。
刘江：原农业部部长。
谢庆生：农工党中央副主席、原贵州省副省长。
刘建新：新疆维吾尔自治区政协副主席、自治区人民政府党组成员、自治区党委改革办常务副主任
孔星隆：新疆生产建设兵团党委常委、副司令员。
胡兆璋：原新疆生产建设兵团副司令员。
王贵振：原新疆生产建设兵团副政委。
陈小江：美国南加利福尼亚大学终身教授、病毒医学专家。
铁木尔?吐尔逊：新疆农科院副院长。
杨文利：陕西省国税局书记、局长。
连本利：新疆生产建设兵团农九师副师长。
李野：澳大利亚GREENX国际能源投资股份有限公司中国区主席。
侯国俊： 石河子天业股份公司董事长。
李在明：河北帝华企业集团董事长兼总裁。
潘世征：石河子大学首任校长，1955年被授予少将军衔。
代江生：2008年被教育部、人力资源与社会保障部授予"全国模范教师"。
张友泉：深圳市总工会建设工会主席。
黄克剑：中国人民大学国学院教授。
姜虹：汕头大学党委书记、校长
崔万志：蝶恋品牌服饰CEO，阿里巴巴全球网商三十强，心动2011安徽年度新闻人物。
杨秀理：阿拉尔市人民政府市长、党组书记。
扎马斯：现任八师石河子市党委常委、统战部部长、工商联主席。